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sortがonでもoffでも、PCAPの内容に含まれるpacketの情報としては同じものが含まれます。
しかし、その取り出したPCAPを閲覧するツールによっては、異なる解釈がなされます。

たとえば、手元の環境で、同じ通信をsortがonとoffの両方の方法で取り出して、それをwiresharkで閲覧した例は、次のようになります。

1. sort＝onの場合
   
2. sort＝offの場合
   

sort=offの画面では、PCAPをwiresharkで開いた後、Timeのカラムでsortした状態となっています。
この状態で比較しますと、上から順に並んでいるpacketの表示上の順番はすべて同一となっていますが、PCAPとして保存されているpacketの順番が異なりますので、
sort=offの5番目と6番目で、symptomとして、「TCP Spurious Retransmission」と「TCP ACKed unseen segment」が表示されています。
実際に通信されていたのはsort=onの状態なので、通信には問題はないのですが、PCAPに保存されている順番として5番目と6番目が逆になってしまっている例となりますので、
このようにwiresharkが解釈しています。

このように取り出した状態のファイル（ここでは、sort-off-1.pcap）を、表示としてでなく、保存状態としてsortする場合、たとえば、wiresharkの配布物に含まれるreordercapを使うことができます。

reordercapのマニュアル

PSGUI-Winは、このreordercapを裏で自動的に呼び出して利用するように実装されています。

sortされたPCAPを得る方法は、たとえば2つあると言えます。

1. PSGUI-Winでsort optionをonにしてPCAPを入手する場合
   1. PCAPのsort optionをonにする
   2. PSGUI-WinでPCAPを保存する（裏でPSGUI-Winが自動的にreordercapを実行 する ）
   3. PCAPを利用する
2. PSGUI-Winでsort optionをoffにしてPCAPを入手する場合
   1. PCAPのsort optionをoffにする
   2. PSGUI-WinでPCAPを保存する（裏でPSGUI-Winが自動的にreordercapを実行 しない ）
   3. reordercapを自分で実行する
   4. PCAPを利用する

sort=offの場合、手動でreordercapを実施する必要があります。
しかし、実行している内容はどちらも同じですので、必要な機器の処理時間は、どちらの方法で実施しても同じです。

利用の状況に応じて、この機能をご利用いただくことがよいと思います。